A data da constituição da Irmandade da Santa Casa da Misericórdia de Viseu é desconhecida, embora vários investigadores refiram o ano de 1510 e o bispo D. Diogo Ortiz de Vilhegas (1505-1519) como tendo sido o primeiro Provedor. Durante muitos anos não teve sede própria, sabe-se que esteve instalada junto do Soar, em edifício cuja localização exacta é desconhecida. Na época do bispo D. Jorge de Ataíde (1568-1578) foi construído um templo no local onde actualmente se situa a actual igreja, tendo sido necessário destruir parte da muralha da cidade.
Não existem dúvidas que a actual edificação foi mandada construir por deliberação da Mesa Administrativa de 1775, era provedor Bernardo de Nápoles Telo de Meneses, e que originou a destruição do edifício anterior. Arrematou os trabalhos o mestre pedreiro António da Costa Faro, de Besteiros, como consta da escritura lavrada em 22 de Outubro de 1775.
O edifício é composto por um corpo central, a Igreja, e dois laterais onde funcionaram a Casa do Despacho e a Botica. Lateralmente e em plano um pouco recuado erguem-se duas torres sineiras. A frontaria, no estilo rocaille, é repartida por pilastras em cinco corpos verticais. O corpo central correspondente à igreja é o mais elevado de empena recortada, exibe ao centro as armas de Portugal e é coroado por uma cruz trevada.
O interior da igreja for modificado em 1842, sendo provedor António Teixeira de Carvalho e Sampaio, tendo as obras ficado concluídas em 24 de Março de 1846, o estilo adoptado foi o neo-clássico. A igreja tem três retábulos o principal, na capela-mor tem ao centro a imagem de Nª. Srª. da Misericórdia, em madeira estofada, ajudando um casal de gente pobre ajoelhado a seus pés. Os retábulos laterais são de menores proporções, o do lado da Epístola é dedicado à Nª. Srª. das Dores, o Calvário com Cristo crucificado, obra datada de 1881 de José Lopes Grilo, "O Catavejo", de Travassós de Cima (Rio de Loba), o do lado do Evangelho é dedicado à Visitação de Maria a Isabel, as duas imagens são da autoria do mestre viseense José Monteiro Nelas e foram executadas em 1875.
O interior da igreja é constituído por uma única nave, dividido em dois corpos pelo arco do cruzeiro, a capela-mor recebe a luz por quatro grandes frestas. Um órgão barroco da segunda metade do séc. XVIII, construído em madeira dourada e marmoreada, proveniente do demolido Convento de Santo António do Massorim (Rossio, junto da Igreja dos Terceiros) está de frente para o púlpito. Na ala esquerda está instalado o novo Museu da Misericórdia. A porta de entrada da igreja é um excelente trabalho de marcenaria e talha, são duas folhas de porta e uma bandeira únicas.
